投稿者: howdi

毎日16:00に地元の自治体が新型コロナ感染者数情報を公開する。これを集計し、区のレベルで、今日は、どれだけ、感染者数が増えたのか、減ったのかと、Rstudioをつかってデータを分析し、一喜一憂する日が、かれこれ、１年半続いている。
感染者数ファイルも結構大きくなってきた。バックアップや履歴管理が、心配だったので、Gitを使い、レポジトリを作って利用してきた。これまで、キチンと利用できていたつもりだった。
ある日、想定外のことがおきた。市役所側の公開データ作成ミス。人手で作成しているデータのようなので、そういうミスはある意味で雑音のようなもの。ありうる、ありうると、懐深くデータをクレンジングすべきだった。
一瞬のうちに、データの整合性がこわれ、元に戻そうと、もがけば、もがくほど、データの不整合性が拡大し、復旧の難易度があがっていた。まるで、沼に踏み込み足を動かせば動かすほど、足が、ズボズボと、沼地にはまった。
さらに、不注意にも、このレポジトリに、AWS,Azure,GCPが公開するテキスト翻訳APIを使った翻訳スクリプトも、収容していた。このスクリプトには、各メガクラウドの公開APIを利用するためのAPIキーも埋め込んでいた。このキーを悪用されると、それらクラウドの利用料がすべて私のアカウントに課金されてしまう。にもかかわらず、このディレクトリをGitHubでインターネット公開してしまった。
git revert
これで、commitの１回分をroll backすればよかっただけなのに、gitの操作方法、構成環境もわからず、きちんと調べもせず、Gitコマンドを打てば打つほど、状況が悪化していった。
git reset　
データが、約１年分、消えた。git logで履歴を確かめても、そのコミットID以降のcommit履歴も、き、消えた。。。。※git reflogで、そのような履歴も調べられることはあとから判ったのだが。
わけもわからず、git pushとうち、決してインターネットに公開などしては行けない私のAPIキーをgithubにのせてしまった。幸、github gardianからメールで連絡がきたので、当該ディレクトリを削除してしまい、事なきをえたが、セキュリティ脆弱性を攻撃してくる輩ばかりの現代、あぶなかった。もう、牧歌的なインターネットコミュニティなど存在しないのに。
数日、レポジトリの復旧に苦しんだが、ゼロから、ローカルのGitリポジトリとgithub上のリモート・リポジトリを、再構築し直し、運用を再開できた。
失敗をこわがっては、いけないのだろうが、ダメージがすぐ拡大してしまうのが、今時の公開インターネット環境なんだ、と、つくづく、身にしみた。

数学に魅せられて、科学を見失う
ザビーネ・ホッセンフェルダー, 吉田三知世
みすず書房
素粒子の世界において、実験と理論の乖離が甚だしいといわれてからずいぶん時間がたった。1970年代が、実験と理論のペースがすり合った古きよき時代かも。
私が、学部を卒業した時代あたりが、超紐理論が大流行したころ。研究室でも、院生や京大からいた来た人たちは、確かに数学的にはキレイな話をしていた。
だけれど、実体のない絵空事を会話しているなあ、これについていき、先端を歩み、一生を捧げるのは、しんどいなあと、思った。そこからが、私自身の人生も茨の道。大学で学んだ知識、解析力学、量子力学はむろん、Lie代数、経路積分、を仕事で、直接つかった経験が全くない。
それでも、素粒子の理論の世界にしがみついてきた人たちの恨み節が、この本かもしれない。ディラックが言い始めた、数学的にキレイな物理。それは、実証できない限り、物理ではないともう。物理は数学ではない。
それでも、私はこう言える。
この世界を知らなくとも、日常生活になんら、支障はない。それでも、この美しい世界を知ることは、至極の価値があり、この世界を知らないことは、人生の浪費だ。

昨日、待ちに待った、ワクチン接種券が到着した。
開封し、予約サイトのURLを確認したものの、サイトがメンテ時間帯で使えない。
今朝、朝食もそこそこに、メンテ時間開けの8:30とともに、アクセスしてみた。
届いた、接種券番号、パスワードを入力してみた。
”接種券番号またはパスワードに誤りがある
と、表示され、その先に進めず。
接種券番号、パスワードを確かめながら、何度入力しても、結果は一緒。
この時点で、予約サイト経由での予約は諦めた。
我々の世代は、アナログ世代。
と、腹をくくり、かかりつけの病院に電話をかけてみた。
いつも予約を取るときに電話をしているので、お互い声を聞いただけで、誰だか、わかる間柄。今日は、コロナワクチン接種の予約の事で、電話したんです。と、話すと、受けられますよ。とのこと。一番早い曜日を教えてもらい、１回目と２回目の接種日の予約が完了。接種上の注意事項を電話で説明してもらった。その間、10分以内。
アナログが、デジタルに勝った！地方の自治体の中に、首都圏の自治体に比べ、接種率の高い所がある。こういう自治体は、住民と自治体同士、お互いに顔が見えていて、こういう、コミュニケーションが潤滑に流れているところなのだろう。ネット、特にWebは上意下達的要素が強い。
私の自治体のサイトをよくよく読むと、どうも、私の年齢の人に対する、予約申し込み受付は、開始していないらいい。私は、基礎疾患アリの括りで、接種可能だったようす。
感染状況指数は、下げ止まり、というか、停滞状況。ちょっと、これまでとは、違う傾向になっている気がする。大きく、上昇していく気がする。根拠にとぼしいが。
そのなか、私個人はワクチン接種の段階に進む。集団免疫が達成できるのは、いつだろう。早く来て欲しい。
今日の朝日新聞に掲載されていた、この記事は腹落ちした。
極東の国、日本は、G7の一翼とは言え、いわゆる欧米とは考え方の違う国なんだろうと、漠然と、思っていたが、考え方が明確になった。
「（異論のススメ　スペシャル）対コロナ戦争　佐伯啓思」

Macを立ち上げて、Webブラウザを開くと、インターネットから情報が怒濤の如く押し寄せてくる。パソコンは、ボーッとしていることを許さない。NHKのチコちゃんは、”ボーッと、生きてんじゃねーよ！”と、叱る。それでいいのだろうか？
現代社会、ボーッとしていることを罪としている。でも、ヒトって、ボーッとしている瞬間も必要なのではないか？医学的なことは、わからないけど、ヒトは、ボーッとしている瞬間にも、脳内では、いろんなことが無意識におきているはず。その無意識な活動に、身を委ねる時間も、ヒトには必要なのではないだろうか？
ひとまず、散歩してみよう。なにも考えずに散歩して、ボーッとしてみよう。

自宅で、Apple Machintoshを使い始めた、1994年ころから、リンククラブに参加している。現運営主体は、株式会社カイクリエイツ。会員誌”KAI NEWSLETTR”という小冊子を定期的に送ってきてくれている。
あるとき、この冊子の中の記事に目がとまった。ドイツで弁護士のキャリアを積み渡米、イエローストーン国立公園で野生のオオカミの生活をガイドしているエリ・Ｈ・ラディンガーさんに関する話だった。
オオカミ？
記事中の画像の中のオオカミの目の眼力に吸い込まれ、記事を読み始めた。オオカミの生態を紹介しているのだが、そのオオカミが非常に社会性のある動物である事がよくわかった。よく、一匹狼、ロンリーウルフというけど、そんな狼は珍しく、オスとメス、夫婦のリーダの下、いや、上下も、そう厳密にあるわけではない。信用できないリーダーは部下に、追放されるか、殺害される。リーダーの下、家族が群れを作り生活しているオオカミって、面白い。
狼の群れはなぜ真剣に遊ぶのか
エリ・Ｈ・ラディンガー／著
シドラ房子／訳
築地書館
もっと知りたいと思い、この人が書いている本を図書館で借りて読んでみた。野生のオオカミの行動様式を自然科学的に紹介している本なんだろうとおもったが、違っていた。確かに、オオカミの行動を客観的な目で紹介してくれているが、自分の行動様式を振り返る機会をもらった。作者の文書力と翻訳者の英語力のおかげ、素直に、心に文章がしみた。自分を振り返る良い機会をもらった。

毎朝、CNN,BBC,Le Mondeをチェックする日課、まだ継続している。ワクチンとの戦いも様子がかわってきたのか、CNN,BBCの両社が南米チリにおける新型コロナ感染状況を報道していた。
英Oxford大が運営するサービスOur World in Dataによると、チリは、ワクチン接種数が進んでいる国。2021/4/13現在、人口19百万人のうち、39.7％が一回接種済み、26.3％が二回接種済み。

にも関わらず、感染者数が急増している。
ハンマー＆ダンスのリズムを間違えた、政策責任者の責任なのか？
それとも、国民性なのか？
それとも、チリで接種している中国製ワクチンは二回接種しないと効かないからなのか？
複合的な要因だとおもう。
■Chile sees Covid surge despite vaccination success – BBC News
■Why are Covid-19 cases spiking in Chile? – CNN
■Our World in Data
■First Dose of Chinese Covid-19 Vaccine Offers Little Protection, Chile Learns

コロナ禍のなか、テレワークを始めて一年がたった。テレワークって、どうなのか？そろそろ、いろんなところから、評価レポートが出始めてきた。テレワークで仕事ができているし、経営の数字も悪くはなっていない。ならば、このまま、テレワーク主体で、いいんじゃない？と、いう人も、いるだろう。が、それで、いいのだろうか？
CNN
The pandemic forced a massive remote-work experiment. Now comes the hard part
Microsoft
MicrosoftはRedmond Campusへの出勤を再開するらしい。マイクロソフトは、レドモンド・キャンパスを９月には元に戻したい様子。ただし、そろりそろりと様子をみながら。
The Next Great Disruption Is Hybrid Work—Are We Ready?
The philosophy and practice of our hybrid workplace
BBC
Covid: ‘People are tired of working from home’
BP staff set to work from home two days a week
Is there an antidote to ‘digital intensity’?
個人的な仮説だが、テレワークは、向く仕事と、向かない仕事がある。仕事のプロセスが確定しているルーチンワークに向くとおもう。
一方、必然的でななく、偶発的に、対峙したヒトとの対話をとおして、新しい事を創造する仕事には、向かない気がする。

出典：How to Discover Antiviral Drugs Quickly(The NewEngland Journal of Medicine
新型コロナウイルス感染症COVID-19は、人体が、新型コロナウイルスSARS-CoV-2に感染することによって引き起こされるウイルス感染症。
その事実を学び、コロナウイルスに関する知識を急速に習得し始めて。もうすぐ一年。SARS-CoV-2に対応するワクチンの接種が、日本での医療関係者や高齢者が先行するが始まった。
しかし、SARS-CoV-2ウイルスのお姿というと、イガイガのついた球体が有名だけど、その内部を一般むけにキチンと説明している情報は意外と少ない。The New England Journal of Medicnieが、その、毒々しい姿を紹介してくれていた。確かに、気持ちが悪い。
公益財団法人東京都医学総合研究所の発表(2020/07/28）によると、SARS-CoV-2が宿主の抗ウイルス免疫防御システムを阻害するメカニズムの解明されたらしい。そのメカニズムの肝となるNsp1を標的とした創薬は、SARS-CoV-2の免疫抑制を解除し、ウイルスの免疫排除を回復させることで、期待できるらしい。
ウイルスの増殖にとって、宿主の免疫排除システムを回避する戦略の獲得は大変重要。SARS-CoV-2では、Nsp(Non structured protein)というタンパク質が、宿主細胞の増殖抑制に関わる機能を有することが知られていたらしい（virulence factor; 毒性因子）。
さらに、この論文中で紹介されている2020/7/17、Science発表論文によると、SARS-CoV-2ゲノムにコードされる26種類のタンパク質の中の一つNsp1が、宿主の抗ウイルス自然免疫応答に必要なタンパク質の合成を特異的にシャットダウンすることにより、宿主の免疫防御システムを阻害することがわかった。
Nsp1は、リボソーム40Sおよび80Sサブユニットの両者に結合し、mRNAの侵入部位(entry site)の内部に固く結合し、mRNAの結合を阻害し、翻訳開始を阻害する。具体的には、RIG-1（ウイルスが細胞内に進入した時にウイルス由来のRNAを認識し、抗ウイルス作用を示すI型インターフェロン産生の誘導を引き起こす因子）やISGs(インターフェロンにより誘導される遺伝子)の翻訳を強く阻害し、免疫排除を回避するというシステムを有する。巧妙だ。
Nsp1そのものの働きを防御する戦略や、SARS-CoV-2のRNAに対して、Nsp1のような物質を用いて、RNAの複製を止めてしまう戦略が考えられる、そんな戦略を実行できる化学物質はないのか？
それにしても、もの凄く小さなスケールでの出来事を会話している。すごい、時代だ。

自由の命運 : 国家、社会、そして狭い回廊
著者 ： D・アセモグル、J・A・ロビンソン
出版 ： 早川書房
アメリカ、フランス、イギリス、ロシア、中国そして日本。旅してきた国、身近な国。その国の様子をみていると、自由や平等とは何か？と、考えてしまうことがある。
どうして、自由や平等が保証されている国、ありがたみがまったく判っていない国、まったく保証されない国、など、差異が生まれてくるのか？所詮、種として１種類でしかない人類が持っている社会的集団のはずなのに？
と、どこかで心の中に、引っかかっている。
その解をみつけたくて、ときどき、まったく門外漢の本、
・銃・病原菌・鉄（ジャレド・ダイアモンド）
・サピエンス全史（ユヴァル・ノア・ハラリ）
・国家はなぜ衰退するのか(ダロン・アシモグル)
・劣化国家（ニーアル・ファーガソン)
に手を出してしまう。
この本もそういう本だった。
自由は国家・エリートがもつ統制力と社会がもつ活力、国家を監視する力がせめぎ合う、とても狭い回廊の中でしか維持できない。強力な国家に、英国の政治哲学者ホッブズが提唱したリバイアサンという名をつけ、国家が強くなりすぎれば「専横のリヴァイアサン」(独裁国家)が生まれ、逆に弱すぎれば「不在のリヴァイアサン」(無政府状態)に堕してしまう。専横と不在のふたつのリヴァイアサンに挟まれた「狭い回廊」に入り、国家と社会のせめぎ合いをへて「足枷のリヴァイアサン」を生み出した国だけが、自由と繁栄を維持できる。というのが著者の主張。
その主張の根拠を求めて、古代ギリシア。中世イタリアのコムーネ。マグナカルタ時代のイギリス。建国当初のアメリカ。ワイマール憲法がナチスに負けたドイツ。混迷のアフリカ諸国。中央アメリカでありながら混迷を脱出できたコスタリカ。カースト制の箍をはずせずもがくインド。国が消えてしまったシリア。アッバースの子孫であるサウジアラビアやイラク。法家と儒教の間を揺れ動き，ついぞ、市民の政治参加は実現しないまま現在に至ってしまった中国。「足枷のリヴァイアサン」に入ったチリ、南アフリカやスエーデン。などなど、世界中の数々の国々に、時間と空間を超越して、旅に連れ出してくれた。
ひさしぶりに、腹落ちする本だった。著者の力量に脱帽。

2021年1月7日に,政府が緊急事態宣言を再び発令した。夕方には、区役所から広報が流れる。東日本大震災をおもいだす。
年末あたりから、毎日、市役所から報告される新規感染者の数字が桁違いに増えてきた。一日に２００人を超える感染者が発生すると、もはや、一人一人の症状や生活環境を確認している余裕はない。一人一人が抱えている生活の様子をはなれ、数字、データとみるしかなくなる。
違う状況に入ったようだ。その数字の上昇の度合いが、これまでにない勢い。
行動様式を改めるべし。しかし、日中、地元の駅前を歩いていても、店は普通に開いているし、不自由しない。このギャップ。昨年、１回目の非常事態宣言の時のような、厳戒令に近い緊張感が、皆になくなってしまっている。自由民主社会主義経済の社会では、自由と統制の両立難しい。が、ここは、統制が全面にでるべき、局面ではないのか？リーダーの顔が見えない。たとえ、火あぶりになるジャンルダルクであったとしても。
かたや、市役所が、日報フォーマットをまた、予告なく変えてきた。その結果、私の作業フローも変わる。これまで使っていたスクリプトが使えなくなった。そういうもの、と、諦め始めている。しかし、PDFは人が読むモノ。システムにINPUTするものではない。デジタル社会を標榜するのであれば、システムとのインタフェースを考慮に入れて欲しい。
#!/bin/bash
LF=$(printf ‘\\\012_’)
LF=${LF%_}
sed -e ‘s/[0-9][0-9][0-9][0-9]例目/’”$LF”‘/g’|\
sed -e ‘s/代//g’|\
sed -e ‘s/10歳未満/10/g’|\
sed -e ‘s/100歳以上/90/g’|\
sed -e ‘s/川崎市//g’|\
sed -e ‘s/区//g’|\
sed -e ‘s/市外（..）/市外/g’|\
sed -e ‘/^$/d’|\
awk -F ” ” -v today=”$(date +%F)” ‘{printf “\”” today “\”,\”” $4 “\”,\”” $2 “\”,\”” $3 “\”\n”}’