我が輩は、FitBitでR(その１）

我が輩は、FitBitでR。名前はまだない。
今日は、雪が降り積もり続いています。新型コロナウイルス対策として、東京都、隣接４県からは外出自粛要請がでました。
そんな日に、Oreillyからデータサイエンス向けのニュースレターが届きました。

Can your watch improve your life?
Wearable devices generate gigabytes of data every minute. Fitbit reports that it has over 150 billion hours of heart rate recorded, and over 6 billion recorded nights of human sleep. But what’s all that data actually doing for you? Here’s how to download and play with your own Fitbit data.

どれどれ、と読み始めたのが、それから数日、はまった事の始まりでした。このニュースレターでは、fitbitが計測しているlifelogデータ、活動量、心拍数などを利用して、健康状況を分析する方法を記事紹介していました。
データサイエンティスト御用達のデータ分析環境ソフトウエア「R」、ごぞんじですか？
※ご参考：統計言語 「R」の神はなぜ無償で貢献したのか
Rのfitbitrパッケージを紹介していました。fitbitrをgithubから取得＆インストールすれば、fitbitデータを取出、分析できるようになると。この記事の内容を素直に信じ、その通りの手順をフォローしようとしたのが、作戦ミスかも。とはいえ、Rの環境は、知らない土地です。知らない土地では道案内を信用するしかないですよね。その道案内が信用できる人かどうか、見定める能力が必要だとしても。
fitbitrをgithubから取得するために必要なパッケージとしてdevtoolsが紹介されていましたが、

install.packages(“devtools”)

が失敗。
これが、かなりの曲者。他のパッケージへの依存性が半端ないのです。
このパッケージをインストールするためには、このパッケージのインストールが必要、そのパッケージをインストールするためには、あのパッケージのインストールが必要と、パッケージインストールの無限地獄。最終的にはR本体をソースからインストールするために必要なC言語とFORTRANのコンパイラーが必要。しかも、Rの開発環境は、OSXのclang最新環境においついておらず、旧版のものを使わなければならないのです。旧版clangを捜してくるのも、ダウンロードするのも一苦労。アプリとOSのライフサイクルの速度の違いを久しぶりに見ました。
clang,FORTRAN環境を準備してもRをソースから構築する作業が成功せず、アプローチを変更する必要が出てきました。そういえば、RはR単体GUIとRstudioで利用するのと、２通りの利用ができる事を思い出し、Rstudio経由でdevtoolsをインストールしてみました。インストール自体は見事成功したものの、動作は不良。
やりたいことは、githubからRパッケージをインストールすること。と、見定め直し、google検索してみたら、devtoolsを使わなくとも、そんなことできるよ、と教えてくれるページ「専用パッケージを導入せず GitHub 上の R パッケージをインストールする」をみつけました。感謝です。devtoolsではなくremotesというパッケージで事足りました。

install.packages(remotes)
remotes::install_github(“teramonagi/fitbitr”)

で、無事fitbirのインストールに成功しました。
fitbitrが呼び出しているFITBIT APIは、WebAPIのタイプ。となるとお手の物。tokenをFITBITのサイトから取得し、呼び出すまえに設定し、APIを呼び出す。これは、もう、王道なので、迷うことなく、一発OK。
さて、Fitbitから自分のfitbit端末のデータを取得することが可能になりました。次は、このデータを使っての分析によりかかかります。