新型コロナが日常になり、２年が過ぎた。街を歩いていると、確かに皆、マスクを着けているものの、人出は、コロナ前に戻った気がする。東京にこんなに人がいるんだ！と、驚いている。感染状況は落ち着きつつある。今週くらいから、また、感染者数が増加し始めていることが気になる。昨日から、海外からの渡航者の受け入れを再開した。ツアー客ばかりのようだが、どうなのだろうか？
ゼロコロナは難しいんだとおもう。コロナに感染した場合の対応も行政、医療、企業、家庭、みな確立してきた気がする。始まった頃のようにオロオロする事はなくなった。
この新型コロナとは、数十年の単位で付き合うものなのかもしれない。

寝ているときに、時刻が気になることがある。
早い時間になんとなく、目をさましてしまい、いま、何時なのだろう、もう少し、寝ていようか？と、フトンの中で悩むことがある。こんなとき、これまで、安いSwatchの文字盤を見て時刻を確認していた。このSwatchも、時差のある国に海外出張する時、ふつう使っている腕時計の針を、出張先でも、日本のメンバーと連絡を取ることがあるので、出張先のタイムゾーンにあわせて変更する事をやめたくて、しかたなく、成田空港の売店で購入し、とても助かった、思い出のしなものなのだが。
でも、暗くて文字盤が読めない。これでは、いまの私にとって用なし。困った。困ったときは、「作る」。普通の人は、困ったら、買ってくるのだろうけど、作れば安く済む、作る時間がとれる、手元に材料がある、そんなときは、「作る」が、私の基本。手元にあるESP8266をつかって、デジタル時計を作ることにした。
レシピは、
・ESP8266x1
・TM1637-DIP版x1
・４桁7セグメントLEDコロン付き青アノードコモンx1
・抵抗1kΩx2
・ブレッドボードx1
・ピンケーブルｘ少々
と、かけば、かっこいいのだが、ちがった、失敗の連続。。。。。
軽く済ませようと、
・TM1637-DIP版x1
・４桁7セグメントLEDコロン付き青アノードコモンx1
・抵抗1kΩx2
をワンボード実装済みボード「LEDディスプレイチューブ、2ピン経由デジタル安定LEDディスプレイチューブモジュール4桁使用ライブラリTM1637.h(ブルーワード)」を、Amazonで探し購入、これが失敗。部材が届き、確認してみると、製造元は、深圳の工場、物流業者は、中国専門のForwarder、いやーな予感。おもったとおり、動かなかった。基板を確認すると、部品の半田付けが下手だったし、肝心のLEDが、アノードコモン仕様ではなく、カソードコモン仕様だった。これでは、動作するわけがない。
ソフトの方もにたようなもの、Google検索し、GitHubでみつけたESP8266-TM1637-NTP-clockが、私の考えにあっていたので、git cloneし、コンパイルしてみたが、途中でdumpし動かない。安易な事を繰り返す私。。。。
キチンと正面から向き合う事にした。
AitenodoでTM1637のDIP版を、秋月で４桁7セグメントLEDアノードコモン青色を探し購入し、動作確認を切り分けることにした。
・TM1637+４桁7セグメントLEDの動作
・ESP8266-TM1637-NTP-clockソフトの動作
TM1637+４桁7セグメントLEDの動作を確認するため、TM1637を動かすドライバライブラリは別のモノを使う事にした。Arduino IDEから見つかったTM1637ライブラリをプロジェクトライブラリではなく、Arduinoライブラリにインストール、同封されていたテストツールTM1637Testを使い、購入したTM1637,４桁7セグLEDの動作を確認。これで、ハードウエアのほうの問題は解決。
ESP8266-TM1637-NTP-clockの動作を確認するため、こちらも同封されていたWifiManagerライブラリではなく、Arduino IDEから見つかったWifiManagerをプロジェクトライブラリではなく、Arduinoライブラリにインストール、Wifi接続され、NTP同期されることを確認。
TM1637DisplayライブラリのAPIが、ESP8266-TM1637-NTP-clockの期待するAPIと違うところは、line by lneで修正、ここは、私の十八番。ひとまず、動作確認レベルのモノができあがった。
さて、コスメティックスが、待っている。それが、おわらないと、人には見せられないなあ。。。

新型コロナ禍、今日現在は、オミクロン株が大流行中。昨年8月ころのピークの3倍の波だが、今週くらいから高原状態になってきた気がする。どうか、このままピークアウトを迎えてほしい。
この波、医療機関に与えている負荷は、相当なものだろう。医療に従事している人たちの尽力に感謝。原因はわからないが、重篤な患者は少ないこと、治療方法が確立し、手探りからは脱していることが、いい傾向。
毎日、自分で、自治体が発表するPDFをダウンロードし、編集し、確認する毎日。今年1月からは、いままでのやり方が通用しなくなってきた。データ数の急増に、手作業が多いこれまでのプロセスは太刀打ちできなくなった。データ規模に応じプロセスを変更しなければいけない。
新規感染者数が100件/日レベルまでは、自治体が発表したPDFを、目で読み、手でテキストに打ち込み、集計＆可視化用のR-scriptに読み込ませていた。
新規感染者数が1000件/日レベルまでは、自治体が発表したPDFを、GoogleDriveにuploadし、Google DocumentをつかってPDFからデータをテキストに抽出し、抽出したデータをCopy&Pastしてテキストにし、集計＆可視化用のR-scriptに読み込ませていた。PDFからテキストデータの抽出をGoogle Documentに任せていた。Google Documentの能力よりも、COpy&Pastできるバッファサイズの限界が先にきた。
今は、新規感染者数が2000件/日のレベル。自治体が発表したPDFを、Downloadし、Pandas/tabulaを使いPDFからのテキスト抽出し、テキストへ編集するまでをスクリプト化、その後、集計＆可視化用のR-scriptに読み込ませている。ほぼ、手作業部分がなくなった。
まさに、データ探索型のプロセス。いったい、いつまで、続くのか。

新型コロナウイルスの新規感染者数、東京オリンピックの時期に重なった、第5波がうそのように静まりかえっている。
なぜだ？
手洗いをきちんとやったから？マスクをつけたから？ワクチンをうったから？三蜜をさけたから？それって、波の前から継続してやっていたこと。人間の浅知恵にもとづく政策だけが有効だったわけではなく、コロナウイルス側にも何らかの事情の変化があったに違いない。でないと、この波が落ちることを実現した因子の存在を説明できない。と、おもっていた。
おもしろいことを言っている人が、山中さんのサイトに記事をあげていた。黒木さん。
山中伸弥による新型コロナウイルス情報発信
https://www.covid19-yamanaka.com/cont2/46.html
なぜ第5は急速に収束したか　他
黒木さんの説は、コロナウイルス自爆説。第5波の時期に流行していたのはコロナウイルスのデルタ株。といっても日本独自ののデルタ株。こいつ自身が持つ欠点と、日本人の免疫特性が相乗効果をもたらし、激減がおきたと言っている。
◆第五波デルタ株の欠点
国内の第5波で流行していたのはデルタ株の中でもAY.29株。この株、自身のRNAの変異を修復する能力がなくなっていたらしい。キーワードは、nsp14。このゲノム修正遺伝子に変異が入ったらしい。
◆日本人の免疫特性
RNAウイルスの複製を抑制する働きを持つ遺伝子を活性した状態で持っている日本人がおおいらしい。キーワードは、APOBEC。この遺伝子は、外から入ってきたウイルスの複製を阻害する。APOBEC遺伝子の一部が生まれつき欠損しているタイプの人は、この遺伝子産物が安定化しウイルスの複製阻害活性を高めるらしい。その欠損したタイプの遺伝子をもつ人が日本人をはじめ、東南アジアの人々に多いらしい。
ウイルスの流行、人知の及ばない、ウイルス側の理由で発生し、収束していく。バッタの大量発生によって怒る蝗害（こうがい）のようなもの。そんな気がする。

■家は生態系
■ロブ・ダン著
■白揚社
久しぶりに、ページをめくることが、面白い本に出会った。
都市生活が主になってきている現代社会。友達の少なかった私にとっては、かけがえのない友である虫を、怖がる、今どきの子供達。さらに、コロナ禍の影響もあり、一日じゅう、一歩も家から出ない日々を”新しい日常”なんていう美辞麗句でごまかされ、暮らすようになった。そんな、われわれ、ホモ・インドアラス。
しかし、この本で紹介されている事実を踏まえると、家、住居は、完全に人間が人工的に創り上げた環境、とおもいきや、そんなことはなく、我々は、普通の家庭に、普通に２０万種以上の、細菌、真菌、節足生物、昆虫、両生類、は虫類に囲まれて、暮らしいるらしい。確かに、家の中には、極端な環境が揃っている。極暑のところ（給湯器、シャワーヘッド）、極寒のところ（冷蔵庫）、乾いたところ（玄関）、ジメジメしたところ（お風呂場）、いろんな環境が整っている。ヒトと慣れ親しんだ微生物がすめないそういう環境に、地球上の片隅で静かに暮らしていた微生物が住み始めているらしい。
たとえば、いまでは、だれでも名前を知っているPCR。このPCRの処理プロセスの中、高温にして、二重ラセンから分かれた、ヌクレオチド鎖からヌクレオチドを重合する酵素が、海底火山などの熱水噴出口に生息していて高熱に強い好熱菌がもっているDNA合成酵素(taqポリメラーゼ）だったとは。いま、その菌は、家庭の給湯器の中で生息していることは知らなかった。
また、ヒトは、歩いているだけで、自分の細胞の死骸（アカ）をおとしていくらしい。それを、食べて生き残っているのが、家庭内節足動物らしい。たしかに、クモ、カマドウマ、ゲジゲジ。どこから、入ってくるんだろう？どうやって、生き続けているんだろう？と、不思議だった。
ワイン用のブドウを発酵させる酵母。ワインセラーの蔵に、いるものとおもっていたけど、どうも、それだけではないらしい。ワイン畑を飛び交い、ぶどうの花を授粉してくれる蜂の腸内に腸内細菌として生息している酵母が、良い味をだしているらしい。知らなかった。
汚いことは、悪いこと。そうやって、せっせせっせと、手を洗う、衛生観念を学校教育で洗脳されてきた。事は、それほど、単純ではない。家の中をキレイにし、殺菌、滅菌し、生物多様性を下げるた結果、一部のブドウ菌など、おとなしくしていた菌が暴れ出し、ヒトを病気にする事例が、紹介されていた。
「テロアール」。多様な生命体が醸し出すバランスの世界が、いちばん、ひとにとって過ごしやすい世界なのだろう。
うちの庭にも、うえる草花の種類をふやしてみるか。。。

蝉の声が聞こえなくなり、虫の音が聞こえる季節になってきた。
ようやく、新規感染者数、急に減少してきた。しかし、減少の要因は何なのか、明らかにされないまま、緊急事態宣言だけは解除されようとしている。感染者数が増加する要因よりも、減少する要因のほうが影響が大きくなったからだと、このグラフをみればわかるはず。
なにかが、変わった？
人流が減少したことが要因と、いう人もいる。けれど、そんなこと、ヒトの浅智恵ではないか？バッタの大量発生「蝗害」のように、コロナウイルス側にも事情によるものではないのか？細菌は、シグナル伝達物質の分泌によって集団密度を感知し、それに応じて、自己の行動を調整する能力を持っているという。ウイルス同士も、何らかのコミュニケーション能力をもっていて、再生能力を集団として意思決定し調整する能力をもっているのではないか？
次の波も必ずやってくるはず。
ワクチン接種は二回ともおわったけれど、明日は我が身と、恐れおののく日はまだまだ続く。。。

2021/8/12にGitHubからメールがきた。

[GitHub] Deprecation Notice   Hi @xxxxx, You recently used a password to access the repository at weekbosons/COVID19 with git using git/2.24.3 (Apple Git-128). Basic authentication using a password to Git is deprecated and will soon no longer work. Visit https://github.blog/2020-12-15-token-authentication-requirements-for-git-operations/ for more information around suggested workarounds and removal dates.   Thanks, The GitHub Team

2021/8/13以降、Githubにcliアクセスする時は、passwordを使ったBASIC認証は動かなくなる。今後はPAT(Personal Access Token)を使えとのこと。id?,password?つかった覚えがない。。。。
案内どおりすすめ、Githubのページで、PATは作成できた。

 

[GitHub] A personal access token has been added to your accoun Hey @xxxx, A personal access token (NewPersonalAccessToken) with repo scope was recently added to your account. Visit https://github.com/settings/tokens for more information. To see this and other security events for your account, visit https://github.com/settings/security-log If you run into problems, please contact support by visiting https://github.com/contact   Thanks, The GitHub Team

 

そして、8/13が来た。ローカルrepoの更新を、github上のリモートrepoに反映しようとして、git pushしたら、エラーになった。
$ git push
remote: Support for password authentication was removed on August 13, 2021. Please use a personal access token instead.
remote: Please see https://github.blog/2020-12-15-token-authentication-requirements-for-git-operations/ for more information.
fatal: unable to access ‘https://github.com/xxxxxxxx.git/’: The requested URL returned error: 403

 

メッセージにはPATを使うように書いてある。しかし、github上で作成したPATを、どこで、どのように、設定するのか？その方法は、誰もおしえてくれない。

 

Google検索し、MacOS上での設定方法を捜した。
■macOS キーチェーンからの認証情報を更新する

■Mac が覚えている GitHub のパスワードをパーソナルアクセストークンに変更する

 

MacOSのキーチェーンのパスワードにPATを設定すればいいと書いてあった。設定すると、設定ダイアログボックスが開く、パスワードを要求してくる。どのパスワード？PATかと思って入力すると、失敗。MacOSへのログインパスワードだった。

 

だれも教えてくれない。

 

たしかに、git pushできるようになった。

$ git push origin work
Total 0 (delta 0), reused 0 (delta 0)
To https://github.com/xxxxxx.git
7c3895d..1d4da32 work -> work

しかし、なぜ、キーチェーンなのか？わからない。だれも教えてくれない。

 

Gitが古いだけ？ソースからbuildし、バージョンアップすれば解決することに期待し、Gitのサイトからソースをダウンロードしていた。
May the Source be with you!Gitの中、どこで、MacOSのキーチェーンを処理しているのか？Gitのソースを読んめばわかるか？。

cat git-/contrib/credential/osxkeychain/git-credential-osxkeychain.c

static void add_internet_password(void)
{
/* Only store complete credentials */
if (!protocol || !host || !username || !password)
return;

if (SecKeychainAddInternetPassword(
KEYCHAIN_ARGS,
KEYCHAIN_ITEM(password),
NULL))
return;
}

 

確かに、PATを設定した、MacOSキーチェーンのパスワードをクレデンシャルとして読みこんでいた。Git自身がMacOSのキーチェーンをクレデンシャルとして使っている。でも、なぜ、Gitが、クレデンシャルにMacOSのキーチェーンを使っているのか？

わからない。だれも教えてくれない。

 

Gitが自身の構成情報で、MacOSのキーチェーンを使う指定をしているのか？gitの構成情報を参照した。

 git config -l credential.helper=osxkeychain

確かにgitはMacoSキーチェーンをクレデンシャルのヘルパーとして認識している。でも、私はそんな設定をした覚えがない。レポジトリのあるディレクトリにあるgit configファイルを読んでみた。そこには、なにも記述がない。当たり前、私がそんな設定をした覚えがないのだから。もしや？とおもい、ログインホームディレクトリにあるgitのconfigファイルを読んでみたが、そこにも、なにも記述がない。

git config –local -l

git config –global -l

MacoSキーチェーンをクレデンシャルのヘルパーとしている箇所はない。

 

たしか、このgitは、Xcodeをインストールしたとき、Xcodeがインストールしたもの

whereis git
/usr/bin

/usr/binにあるようだ。

 

/usr/bin/git –version
ME866JA:Kawasaki momma$ git –version
git version 2.24.3 (Apple Git-128)

と打つと、Apple-128とある。Apple謹製gitはなにかちがうのか？

 

救いの手は、Googleからきた。

disable git credential-osxkeychain どうも、Xcodeに、設定があるようだ。確かに記載があった。

 

git config –get-all –show-origin credential.helper
file:/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr/share/git-core/gitconfig osxkeychain

 

結局、Apple謹製gitは、MacOSキーチェーン使用がデフォルト設定だった事が、判明した。ネットには、どうすればいい？こうすればいい。と、表面上の情報だけが、散らばっているだけ。ある意味、ノイズ。その本質を追究し、ネット上で共有しシグナルを発信してくれる人は、本当に少なくなった。

 

ネットのS/N比、かなり悪くなった。

毎日の新規感染者数の増加度合いが、半端ない。先例にない、鋭く、高い、スパイクだ。
昨日、東京都に隣接する千葉、埼玉、神奈川に対し、政府は緊急事態宣言を発令した。東京都は緊急事態宣言の終了を８月２２日まで延長した。
確かに、おとといまでは、街中の人の流れは、コロナ前に戻ってきていたし、夜の居酒屋は、お客さんで、普通通りに、混んでいるところもあった。皆がコロナ前の日常を欲している。
TVで東京オリンピックを観戦していると、いっとき、コロナの事を忘れることができるが、試合が終わると、マスクをすぐ着ける選手や、会場の後ろに背景として映る東京の街並みをみていると、紛れもなく、コロナ禍の渦中にいると、認識する。
蝉の声は、いつもの夏どおり。
ワクチン接種後の副反応が話題になる、昨今、我々は、いったい、どこに、進もうとしているのか、だれも、道筋を示すことのできる人はいない。みな、右往左往しているだけ。

毎日16:00に地元の自治体が新型コロナ感染者数情報を公開する。これを集計し、区のレベルで、今日は、どれだけ、感染者数が増えたのか、減ったのかと、Rstudioをつかってデータを分析し、一喜一憂する日が、かれこれ、１年半続いている。
感染者数ファイルも結構大きくなってきた。バックアップや履歴管理が、心配だったので、Gitを使い、レポジトリを作って利用してきた。これまで、キチンと利用できていたつもりだった。
ある日、想定外のことがおきた。市役所側の公開データ作成ミス。人手で作成しているデータのようなので、そういうミスはある意味で雑音のようなもの。ありうる、ありうると、懐深くデータをクレンジングすべきだった。
一瞬のうちに、データの整合性がこわれ、元に戻そうと、もがけば、もがくほど、データの不整合性が拡大し、復旧の難易度があがっていた。まるで、沼に踏み込み足を動かせば動かすほど、足が、ズボズボと、沼地にはまった。
さらに、不注意にも、このレポジトリに、AWS,Azure,GCPが公開するテキスト翻訳APIを使った翻訳スクリプトも、収容していた。このスクリプトには、各メガクラウドの公開APIを利用するためのAPIキーも埋め込んでいた。このキーを悪用されると、それらクラウドの利用料がすべて私のアカウントに課金されてしまう。にもかかわらず、このディレクトリをGitHubでインターネット公開してしまった。
git revert
これで、commitの１回分をroll backすればよかっただけなのに、gitの操作方法、構成環境もわからず、きちんと調べもせず、Gitコマンドを打てば打つほど、状況が悪化していった。
git reset　
データが、約１年分、消えた。git logで履歴を確かめても、そのコミットID以降のcommit履歴も、き、消えた。。。。※git reflogで、そのような履歴も調べられることはあとから判ったのだが。
わけもわからず、git pushとうち、決してインターネットに公開などしては行けない私のAPIキーをgithubにのせてしまった。幸、github gardianからメールで連絡がきたので、当該ディレクトリを削除してしまい、事なきをえたが、セキュリティ脆弱性を攻撃してくる輩ばかりの現代、あぶなかった。もう、牧歌的なインターネットコミュニティなど存在しないのに。
数日、レポジトリの復旧に苦しんだが、ゼロから、ローカルのGitリポジトリとgithub上のリモート・リポジトリを、再構築し直し、運用を再開できた。
失敗をこわがっては、いけないのだろうが、ダメージがすぐ拡大してしまうのが、今時の公開インターネット環境なんだ、と、つくづく、身にしみた。

数学に魅せられて、科学を見失う
ザビーネ・ホッセンフェルダー, 吉田三知世
みすず書房
素粒子の世界において、実験と理論の乖離が甚だしいといわれてからずいぶん時間がたった。1970年代が、実験と理論のペースがすり合った古きよき時代かも。
私が、学部を卒業した時代あたりが、超紐理論が大流行したころ。研究室でも、院生や京大からいた来た人たちは、確かに数学的にはキレイな話をしていた。
だけれど、実体のない絵空事を会話しているなあ、これについていき、先端を歩み、一生を捧げるのは、しんどいなあと、思った。そこからが、私自身の人生も茨の道。大学で学んだ知識、解析力学、量子力学はむろん、Lie代数、経路積分、を仕事で、直接つかった経験が全くない。
それでも、素粒子の理論の世界にしがみついてきた人たちの恨み節が、この本かもしれない。ディラックが言い始めた、数学的にキレイな物理。それは、実証できない限り、物理ではないともう。物理は数学ではない。
それでも、私はこう言える。
この世界を知らなくとも、日常生活になんら、支障はない。それでも、この美しい世界を知ることは、至極の価値があり、この世界を知らないことは、人生の浪費だ。